マイケルたちは塀の外に出たものの、今度は逃亡者としての生活が待っていた。しかも、陰謀を仕組んだ者たちがマイケルとリンカーンを黙って見逃すはずがない。看守長ベリック率いる捜索隊に、マホーン捜査官率いるFBIまで加わり、マスコミを利用し逃亡者8名を全国指名手配。逃げ延びるのがさらに困難になる。また、マホーンはマイケルのタトゥーの秘密にも気づきはじめる。その頃、病院では自殺を図ったサラが意識を取り戻す。